圍填海工程環(huán)境監(jiān)測程序主要包括兩個步驟：
第一步，建設期圍填海項目跟蹤監(jiān)測與評價，評價建設期的生態(tài)環(huán)境影響；
第二步，建成期圍填海項目監(jiān)測與評價，評價建成期對生態(tài)環(huán)境影響。具體見下圖。
 

圍填海工程環(huán)境監(jiān)測的目的是針對圍填海工程項目或區(qū)域圍填海規(guī)劃，通過對由于圍填海項目的建設和所在海域所有圍填海項目建成對海洋環(huán)境產生的影響的跟蹤監(jiān)測，重點了解和掌握海域內圍填海項目在其建設期和建成期對周邊海域海洋水文動力、地形地貌與沖淤環(huán)境的影響，并評估其對水質、沉積物和生態(tài)環(huán)境的影響，評價其影響范圍、影響程度及其存在的用海風險，為海域使用管理和海洋環(huán)境保護管理提出對策和建議。

圍填海工程環(huán)境監(jiān)測與評價報告書內容應包括：
1、 總則：監(jiān)測任務由來、項目性質、目的與意義、監(jiān)測范圍、監(jiān)測內容與重點、監(jiān)測標準依據、評價方法和標準；
2、 工程分析：工程概況、工程建設方案、海域使用確權情況、工程性質、附屬工程布局；
3、 工程周邊海域環(huán)境概況：自然環(huán)境狀況和社會經濟狀況；
4、 工程所在海域海洋功能區(qū)劃和海洋開發(fā)利用現狀；
5、 圍填海項目環(huán)境影響跟蹤監(jiān)測：監(jiān)測站位布設、監(jiān)測參數、監(jiān)測時間和頻率、分析方法、評價方法和評價標準、歷次監(jiān)測結果及綜合評價；
6、 綜合分析評價：評價項目建設期和建成期對海洋環(huán)境的影響等；
7、 對策與建議；
8、 跟蹤監(jiān)測文件：工程跟蹤監(jiān)測委托函、與工程有關的文件、提交的跟蹤監(jiān)測文件、監(jiān)測數據和報表、監(jiān)測人員上崗證、儀器鑒定證書、附件、附圖、附表等。

圍填海工程環(huán)境監(jiān)測，主要監(jiān)測圍填海項目建設期和建成期的海洋水文動力、地形地貌與沖淤環(huán)境、水質、沉積物和生態(tài)環(huán)境狀況，從而了解和掌握圍填海項目在不同海域使用期內對海洋環(huán)境的影響范圍和影響程度，保護海洋環(huán)境。

圍填海工程環(huán)境監(jiān)測的監(jiān)測項目，根據工程的規(guī)模、施工工藝、海域的自然環(huán)境特征、建設期排放的污染物種類等情況并結合工程環(huán)境影響評價報告中給出的監(jiān)測因子確定工程跟蹤監(jiān)測的重點項目。下述監(jiān)測項目可根據具體情況適當增加或減少。
水文：潮流（流速、流向)、潮位等狀況；
海洋地形地貌與沖淤環(huán)境：海洋地形地貌、海岸線、海昧、灘涂、海岸等的變化狀況，蝕淤狀況、蝕淤速率、蝕淤變化特征等，海底沉積環(huán)境等狀況；
海水： pH、水溫、鹽度、水色、透明度、懸浮物、化學需氧量、營養(yǎng)鹽、石油類、重金屬（根據工程特點選做）等；
沉積物：有機碳、石油類、重金屬（根據工程特點選做）等；
生物生態(tài)：葉綠素a、浮游動物、浮游植物、底棲生物、潮間帶生物、游泳生物和珍稀瀕危物種生物個體密度、物種數、質量等、定居貝類、甲殼類和魚類等生物中石油烴、重金屬的含量等；

以下是圍填海工程環(huán)境監(jiān)測工作執(zhí)行遵循的部分標準，僅供參考。
圍填海項目跟蹤監(jiān)測與評價技術導則（征求意見稿）
GB 3097海水水質標準
GB 11607漁業(yè)水質標準
GB 12763.1 海洋調查規(guī)范總則
GB 17108海洋功能區(qū)劃技術導則
GB 17378.1 海洋監(jiān)測規(guī)范第1部分:總則
HJ442近岸海域環(huán)境監(jiān)測規(guī)范
GB 18421 海洋生物質量
GB 18668海洋沉積物質量
GB/T 19485海洋工程環(huán)境影響評價技術導則
GB/T 29726海灣圍填海規(guī)劃環(huán)境影響評價技術導則
HY/T 084 海灣生態(tài)監(jiān)測技術規(guī)程
HY/T 085河口生態(tài)監(jiān)測技術規(guī)程
HY/T 086 陸源入海排污口及其鄰近海域生態(tài)環(huán)境評價指南
HY/T 087近岸海洋生態(tài)健康評價指南